Eceabat M.Ö. 2000 yıllarında Fenikeliler tarafından kurulmuştur. İlçenin ilk yerleşim yeri , bugünkü ilçe merkezinin 1 Km. güneyinde bulunan Çamburnu'dur. Daha sonra yöreye yerleşen traklar olmuştur. Midilli ve Foça'dan gelen halk bu yörede koloniler oluşturulmuştur. Eceabat Bölgesi 1235 yılında İznik Tekfuru tarafından alınmıştır.
Eceabat'ta 12 Antik şehir bulunmaktadır.Akbaş ve Eski Hisarlık arasında yerleşim merkezi olan Eceabat bir liman şehridir.M.Ö.465' de Trakya ile birlikte Eceabat Atina'ya bağlanmıştır.Hiristiyanlık devrinde piskoposluk merkezidir. Bu tarihte önemli bir liman şehridir. Bir süre sonra Katolonyalıların egemenliğine girmiştir. Bunun üzerine Bizansıslarla savaşa giren Katobey 'den yardım istemişlerdir. Boğazı geçerek Kotolonyalıların yardımında yer alan Melih İshak ve Halil Ece Bey Bizansıslarla giriştikleri savaşta 1311 yılında Melih Ece Bey şehit düşmüştür.
Eceabat ilçesine ismi verilen Ece Bey ( Yakup Ece) 1356 yılında Orhan Gazi'nin oğlu Süleyman Paşa ile birlikte Rumeliye geçen Osmanlı Komutanlarındandır. Ece Bey bu yörenin fethinde kumandan olarak vazife görmüştür.
Eceabat 1884 yılında Edirne İline bağlı bir bucak iken 1892 yılında ilçe haline getirilerek Belediye teşkilatı kurulmuştur. 1915 Çanakkale Savaşları sırasında ilçe merkezi Yalova'a Köyüne daha sonrada Kilitbahir Köyüne nakledilmiş ise de bir yıl sonra tekrar Eceabat'a getirilmiştir.
1923 yılına kadar Merkezi Çanakkale olan Biga Mutasarrıflığına bağlı iken bu tarihten sonra Gelibolu Valiliğine bağlanmıştır. 1926 yılında Gelibolu'nun da ilçe haline getirilmesi ile her ikisi birden Çanakkale Valiliğine bağlanmıştır